一隻名為九尾妖狐的強大魔獸襲擊了忍者五大國之一的火之國木葉忍者村。為了解決這場災難，木葉忍者村的首領「第四代火影」將九尾妖狐封印在剛出生的兒子漩渦鳴人體內，讓鳴人成為九尾妖狐的祭品之力；鳴人的父親在戰鬥中殉職身亡，而原本已經退休的第三代火影則再次成為木葉忍者村的領導者。鳴人從小就被木葉忍者村的村民們視為破壞村子奪走無數人命的九尾妖狐的化身而無視並排擠他。由於第三代火影禁止任何人提及這起事件，鳴人對於九尾妖狐一無所知，因此鳴人為了得到大家的認同而以成為歷代最強的火影為目標。直到12年後，背叛村子的忍者水木向鳴人透露了真相。隨後鳴人在戰鬥中擊敗了水木，得到他的老師伊魯卡的認同。

不久之後，鳴人終於成為一名忍者，與他視為競爭對手的宇智波佐助以及暗戀的春野櫻一起組成了由上忍旗木卡卡西帶領的第七班。佐助是宇智波一族的倖存者，在小時候，他的哥哥宇智波鼬將除了自己以外的族人全部殺死，自從那時候起佐助就以殺死哥哥為目標；小櫻是喜歡佐助的少女；卡卡西是木葉忍者村第一的高手，人稱「寫輪眼的卡卡西」。鳴人在第七班開始忍者的生涯並執行各式各樣的任務。

第七班在經過數次任務，包括在波之國進行的重大任務之後，卡卡西認同第七班能參加可以晉升到中忍級別並執行困難任務的中忍考試。在考試期間，被通緝的逃亡忍者大蛇丸入侵了木葉忍者村並殺死了第三代火影。傳說的三忍之一的自來也拒絕擔任「第五代火影」的職位，並與鳴人一同尋找了他所推薦適合擔任「第五代火影」的綱手。中間與尋求鋼手治療自己的大蛇丸發生衝突並得知大蛇丸之所以想得到佐助是因為佐助所擁有的寫輪眼的力量。

在尋找綱手的過程中，遇到目的是九尾妖狐的「曉」的成員宇智波鼬與干柿鬼鮫，而鼬是屠殺宇智波一族的兇手，佐助遇到鼬想要為一族復仇不成反被打成重傷。對此感到無力的佐助離開村子而前去找大蛇丸尋求能殺死鼬的力量。在佐助離開村子時小櫻前去處阻止卻被打暈，鋼手從小櫻得知事情經過後派出包含鳴人在內的五名忍者找回佐助，但是鳴人最後還是無法奪回佐助。鳴人與小櫻還是不放棄佐助。為了三年後能將佐助帶回木葉忍者村，鳴人成為自來也的徒弟並離開木葉忍者村進行修行之旅，而小櫻則成為綱手的徒弟。