En række eksplosioner ryster Gotham. Batman befinder sig midt i en territoriekrig mellem de rivaliserende forbryderbosser Rupert Thorne og Pingvinen. I mellemtiden leder kommissær Gordon og hans datter Barbara efter måder at rette op på Gothams korrupte strafferetssystem indefra.

Da en glamourøs filmstjerne forsvinder, bliver Batman og kriminalbetjent Montoya viklet ind i et mørkt spind af en mystisk hævner, der hjemsøger lydkulisserne.

Da hendes far, der er mangemillionær, kommer i fængsel og efterlader hende uden penge, begynder den spændingssøgende dilettant Selina Kyle at leve et kriminelt liv som den dristige Catwoman og undviger loven ved enhver lejlighed. Batman udtænker en plan for at sætte en stopper for hendes kriminelle løbebane, mens to frafaldne politibetjente vil sørge for, at hun bruger alle sine ni liv på én gang.

Da borgmester Jessop samler en taskforce for at fange Batman, får kriminalassistent Montoya ansvaret. Betjentene Flass og Bullock tager sagen i egen hånd i et forsøg på at fange Batman, hvilket bringer Gotham i stor fare.

Nogen kidnapper og hjernevasker rige, magtfulde mænd i Gotham, og Batman må finde ud af hvem og hvorfor. Da Barbara Gordon begynder at mistænke en af sine venner for at være involveret i bortførelserne, bringer hendes efterforskning hende på kollisionskurs med den mørke ridder.

Efter en række røverier i Gotham kæmper Batman med muligheden for, at gerningsmanden måske ikke kommer fra de levendes verden. Imens bliver Harvey Dents moral sat på prøve med en generøs kampagnedonation fra en forbryderisk kilde.

I kølvandet på et mislykket mordforsøg på kommissær Gordon lover Montoya at gøre alt, hvad der står i hendes magt for at beskytte Gordon. Batmans efterforskning af, hvem der stod bag attentatet, fører ham ned i et kaninhul med kun ét klart svar: Stol ikke på nogen.

Da børn begynder at forsvinde ved et Harvey Dent-kampagnearrangement, afslører Batmans detektivarbejde i underverdenen af et lokalt tivoli, der er vært for arrangementet, noget langt mere uhyggeligt.

Efter Harvey Dents ulykke må både Batman og Bruce Wayne arbejde for at stoppe statsadvokaten i hans søgen efter den forkerte form for retfærdighed.

I sæsonfinalen fører Barbara Gordons og Batmans forsøg på at holde Harvey Dent i sikkerhed, indtil han skal vidne i retten, til en total krig mellem Gothams helte og skurke.