Jim Phelps en zijn elite-team bereiden in Praag een minutieus plan voor om een computerdiskette met de identiteit van de Amerikaanse spionnen uit de handen van de vijand te houden. Het team, bestaande uit Ethan Hunt, Phelps' mooie vrouw Claire, Sarah Davies en een electronische expert, weet dat een diefstal gepland is op een ambassade-gala in Kiev.
Agent Ethan neemt het op tegen zijn vroegere wapenbroeder Sean Ambrose, een man die alles van hem heeft geleerd, maar nu zijn aartsvijand is geworden. Beide mannen azen op een genetisch gemanipuleerd virus, 'Chimera' genaamd.
Agenten Kay en Jay zijn lid van een top-secret organisatie die in het leven is geroepen om de buitenaardse wezens op aarde in de gaten te houden. Als een buitenaardse terrorist dreigt enkele zonnestelsels te vernietigen, moeten ze in actie komen.
Agent Lorraine Broughton is het kroonjuweel onder de Britse geheim agenten in dienst van Hare Majesteit: een sensuele superspion bereid om al haar skills te gebruiken om een onmogelijke missie te overleven. Lorraine wordt in haar eentje het instabiele en onrustige Berlijn in gestuurd om een zeer belangrijk dossier af te leveren. Ze gaat een samenwerking aan met de lokale bureauchef David Percival om te ontsnappen aan een uiterst dodelijk spionnenspel.
Twee F.B.I agenten verknallen een grote drugsvangst, maar hebben een idee om hun baas alsnog te imponeren. Hiervoor besluiten ze de bescherming van de Wilson-zusjes op zich te nemen (erfgenames van een groot hotel-imperium) aangezien ze een tip hebben dat zij ontvoerd zullen worden. Hun strategie is nogal onorthodox: ze vermommen zich als de zusjes Wilson en verstoppen de echte zussen op een veilige plek...
James Reece, assistent van de Britse ambassadeur in Parijs heeft de ambitie te slagen bij de geheime dienst. Hij krijgt zijn kans wanneer hij de opdracht krijgt samen te werken met de Amerikaanse CIA-agent Charlie Wax om een terroristische aanslag in Parijs te voorkomen. Charlie Wax is echter een loose canon die de stad binnen de kortste keren op z'n kop zet en Reece als zijn chauffeur behandelt.
De kleine jongen Bruce Wayne zag zijn ouders voor zijn ogen wreed vermoord worden: een trauma dat hem voor de rest van zijn leven vervult met wraakgevoelens. Het lot laat hem zijn wraak echter niet uitvoeren.
Sean Archer (Travolta) is een politieman die al jaren op Castor Troy (Cage) jaagt. Bij een confrontatie wordt Troy bijna fataal gewond en raakt in een coma. Archer komt erachter dat Troy ergens een bom heeft verstopt en alleen Troy en zijn broer (die in de gevangenis zit) weten waar. Archer laat een paar doctoren zijn gezicht verwisselen voor dat van Troy, zodat hij in de gevangenis kan infiltreren en de info van Troy's broer kan krijgen. Ondertussen ontwaakt de echte Troy uit zijn coma en neemt met het gezicht van Archer diens leven over. In een race tegen de klok moet Archer de bom zien te vinden en ondertussen Troy ervan weerhouden iedereen te vermoorden die van hun wisseltruc weet.
Er is vier jaar verstreken sinds de agenten een grote ramp hebben weten te voorkomen, en Kay is sindsdien begonnen aan een simpel burger-leven. Jay, die nog steeds voor de overheidsinstelling Men In Black werkt, ontdekt dat het Kylothiaanse monster Serleena, vermomd als lingerie-model, een kwaadaardig plan heeft gesmeed. In een race tegen de klok moet Jay zorgen dat Kay weer terug keert naar zijn oude baan, ondanks dat hij zich hier niets van herinnert, om zo samen de vernietiging van de Aarde te voorkomen.
Cameron Poe heeft lang in de gevangenis gezeten nadat er een dode viel in een poging zich te verdedigen. Nu mag hij vervroegd naar huis, maar hij zit wel op het vliegtuig waarmee de gevaarlijkste criminelen naar een nieuw type gevangenis worden gebracht.
Dr. Evil en Mini-Me zijn ontsnapt uit hun gevangenis, om vervolgens samen met de slechte Goldmember een plan voor wereldheerschappij te verzinnen. Dit plan bestaat uit flink wat tijdreizen, en het kidnappen van de spion Nigel Powers, de vader van geheim agent Austin Powers. Terwijl Austin Dr. Evil, Mini-Me en Goldmember door de tijd achterna reist stopt hij in 1975. Hier krijgt hij hulp van een oude vriendin, detective Foxy Cleopatra.
Axel Foley is een agent uit Detroit die na de moord van zijn vriend naar Californië reist om een onderzoek te starten naar de moordenaar. Hij verdenkt een kunsthandelaar, die zijn zaak waarschijnlijk als dekmantel gebruikt.
De op een waargebeurd verhaal gebaseerde film volgt FBI-agent Joe Pistone die de maffia van New York infiltreert. Onder de naam Donnie Brasco maakt hij diverse vrienden, en weet hij zich al gauw op te werken in de maffiafamilie van Sonny Black.
Colin Sullivan werkt voor de grote en beruchte gangster Frank Costello en krijgt de taak te infiltreren in het politiekorps van Boston. Tegelijkertijd werkt undercover-agent Billy Costigan zich op in de wereld van Costello en probeert diens vertrouwen te winnen.
Dr. Evil gebruikt een tijdmachine om terug te reizen naar 1969, waar hij Austin Power's mojo steelt. De Britse geheim agent moet nu terugreizen in de tijd om dit, met de hulp van Felicity Shagwell, terug te vinden. Ondertussen ruziet Dr. Evil vrolijk verder met zijn zoon, en bouwt 'ie een goede vriendschap op met Mini Me, een kloon van zichzelf, maar dan 8 keer zo klein.
Axel Foley ontdekt tijdens een onderzoek naar een autodiefstal een veel grotere zaak: de zelfde mannen die zijn baas hebben neergeschoten runnen hun criminele plannen vanuit een attractiepark in Los Angeles.
'Heart of Stone' volgt een doorgewinterde CIA-agente, Rachel Stone genaamd. Rachel blijkt de enige vrouw te zijn die tussen haar machtige, wereldwijde, vredeshandhavingsorganisatie en het verlies van haar meest waardevolle en gevaarlijke bezit in staat. Al snel raakt ze verwikkeld in een mysterieuze samenzwering.
In 1969 verslaat de Britse geheim agent Austin Powers de meeste handlangers van zijn grote vijand Dr. Evil. Dr. Evil besluit zich in te vriezen zodat Austin hem niet zal kunnen pakken. Austin besluit zichzelf ook in te laten vriezen, voor het geval Dr. Evil ooit weer tevoorschijn komt.
FBI-agent Frank Castle stopt met zijn gevaarlijke undercover-werk en begint een normaal leven met zijn vrouw, zijn zoon en een kantoorjob. Zijn leven wordt echter verstoord wanneer zijn familie wordt afgeslacht door gangsters die retributie zoeken voor hetgeen Frank in zijn laatste undercoverklus gedaan heeft.
FBI-agent Malcolm Turner is op jacht naar een ontsnapte bankrover die vermoedelijk naar het huis van Big Momma zal gaan, de grootmoeder van diens knappe ex-vriendin Sherry. Wanneer Big Momma plotseling op reis gaat, dreigt het plan te mislukken en is het aan Malcolm om de rol van de spraakmakende oma over te nemen. Malcolm heeft alles onder controle, behalve wanneer hij verliefd wordt op Sherry.